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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已展示出丰富的生物制品灵活性，还有抗癌症和身体毒的作用。一般性，三萜是顺利通过甲羟戊酸路径制作而成的，并从非天然作物和白色念珠菌中分离出来。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上提出了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的设计方案综述。该设计方案发展三萜类有机化合物虫草酸（GA）是经过透明液体塑造培养的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的微生物工程转为存在的。经过转录组和血清酶质组学水平设备进一点挑战无柄野生灵芝粉菌丝体中DHT存在两者野生灵芝粉酸（GA）的考核机制，并会按照多个学水平设备查重到的相互影响遗传基因和相互影响血清酶，推断DHT 微生物工程合并 GA 的经由。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录多组分析和的功能划分

完成对无柄野生灵芝细菌菌丝体实行转录组测序共有67230个转录本和1429八个单人类人类dna。在此类单人类人类dna中，492被签别为对比理解方法出来人类人类dna（DEGs），中间213个理解方法出来调涨，279个理解方法出来再降（图1A）。GO聚集探讨后，DEGs包含生物技术工作（BP）、細胞膜成份（CC）和大分子功用（MF）3类。在BP类型中，发现了前五个子类型：消炎药分解成新陈产生工作，醋酸钠盐新陈产生工作和甲酸盐新陈产生工作;而在CC类型中，細胞膜外区、突触复合型体、突触组成部分是前五个亚类。而对于MF类型，甲酸脱氢酶（NAD）灵亲水性、硫化替换酶灵亲水性和酸氨（或酰胺）对接酶灵亲水性是前五个亚类型（图1B）。在DEGs的KEGG数字信号径路探讨中，前30条聚集度最高的人的数字信号径路中含27条一种新陈产生，中间甲烷气体新陈产生、乙醛酸盐和二羧酸盐新陈产生、丙酸盐新陈产生数字信号数字信号径路明显聚集（图1D）。

图1|转录成分析和功能键等级分类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

凭借对无柄虫草真菌感染菌丝体来做球血清酶质含量组学浅析，共要确实了16,457种特有肽、2606种球血清酶质含量和2588种定量阐述球血清酶质含量。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的建立的条件下，走过2606种球血清酶质含量中，94种被鉴别为对比传达球血清酶（DEPs），各举52种调涨，42种调低（图2A），图2C提示了对比传达球血清酶的聚类阐述浅析热图。从GO浅析看下，BP等级分类提示，大都数DEPs做冰醋酸盐基础内部核基础代谢转化率流程、四环素葡萄糖腐蚀基础内部核基础代谢转化率流程和类药物葡萄糖腐蚀基础内部核基础代谢转化率流程。CC类DEPs在内部核外区、过腐蚀物酶体和微体中增长率最大，腐蚀抹除酶亲水性和甲酸脱氢酶（NAD）亲水性在MF类中DEPs的分配比例最大（图2B）。与转录组最终类似于，KEGG通道浅析提示，多数DEPs在基础内部核基础代谢转化率中聚集，各举3条最聚集的方式是光合菌物学中的碳固定不动、碳基础内部核基础代谢转化率和MAPK信号灯通道（图2D）。不仅如此，凭借浅析GO统计数据的CC对DEPs来做亚内部核固定浅析和注解（图2E），DEPs重要分布不均在内部核质（40.66%）、内部核膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），按理来说上是GAs菌物学结合的重要地理位置。

图2|血清质组的按量浅析和功用检验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为食物转换和对应组备选DEGs和DEPs制作而成了维恩图，有20个不一致性体现DNA（图3A）。对转录组和蛋清酶质组中E组和C组拥有的DEGs/DEPs确定聚类定量定量分析定量定量分析，看见mRNA和蛋清酶质间有11个上浮DNA和1个调低DNA，DEGs两者两者之间全文翻译的DEPs体现总体水平呈正有关的，通过Pearson的有关的弹性系数定量定量分析，在转录组和蛋清酶质组间验测到比较较高的有关的性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检则数据体现，E组和C组18个DEGs的表达爱方法水准差距有明显，在这当中9个为上涨DEGs，3个为变动DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表达爱方法发展趋势与转录多组分析数据保持一致。

图3|血清质组的化学发光法定量分析和功能性认证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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