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网络药理学揭示草酸钙肾结石氧化应激和炎症损伤机制

发布时间:2024-08-02
草酸钙(CaOx)肾结石是泌尿设计最经比较普遍的可以使肠胃疾病里面之一。肾企业中CaOx纳米线过供大于求变成会使得肾小管肿瘤细胞破损和凋亡,会导致使得肾结石的变成。短链油脂含量酸由可以使肠胃内厌氧反应器日常细菌发孝营养健康弹性纤维制造,不仅仅在高斯模糊可以使肠胃天然屏障中产生的角色,有时在设计横向上也产生关键的的角色。里面,丁酸是最大量的短链油脂含量酸,有消除炎症和免疫力遏制的角色,本科研研讨丁酸对CaOx肾结石的的角色基本自身靶点。

围绕草酸钙肾结石相关机制研究,华山医院口腔科泌尿整形外科吴忠讲解、周子健博士后于今年5月在Chem Biol Interact发表了相关成果,7月4日该团队又有一篇新作发表。吴忠老师、周子健博士生在Food and Chemical Toxicology(IF=4.3)上发表题为“Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9”的研究文章。研究人员发现丁酸在体外和体内均能抑制CaOx肾结石模型的氧化应激和炎症损伤,并利用网络药理学预测发现CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的靶基因,最后通过细胞实验证实CYP2C9在草酸诱导的HK-2细胞损伤模型中的作用。拜谱菌物与吴忠教授、周子健博士团队再次合作,提供了手机网络临床药理学服務,助力预测CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的潜在靶点,为丁酸预防CaOx肾结石产生的临床应用奠定理论基础。

篇文章品牌:Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9(Food Chem Toxicol.,IF=4.3,2023.07) 企业客户部门:华山卫生院 研究方案文本:大鼠、HK-2细胞膜 分组进行信息内容:较组(Con)、模型工具组(Model)和丁酸钠组(NaB) 拜谱带来的技术:线上药剂学学在线检测

理念步骤程序流程图

探究結果

的研究分析人员管理第一步共建大鼠型号,借助顺利血生化的指标和团体方面的问题学印染等的研究分析的手段表明丁酸需要限制CaOx型号大鼠肾CaOx单晶体的养成和挫伤,解决CaOx型号大鼠的细菌感染挫伤和硫化类物质的过量表达爱。不仅而且,丁酸还可可以抑制草酸介导的HK-2内部挫伤、硫化应激状态和内部凋亡。 为调查性丁酸成分和靶DNA数据线上信息,调查员从PubChem了解丁酸和丁酸酯的二维和3d成分(图1A)。经过PharmMapper数剧信息库和Uniprot数剧信息库治理后共筛分出115个丁酸靶DNA供进这一步定量研究分享。将DNA列表页导出STRING数剧信息库,来进行PPI数据线上信息定量研究分享。Cytoscape已给出了排顺的前20的联络线靶DNA的图解数据线上信息图,例如CYP2C9、CASP3、MAPK14、ALB、HRAS、ABL、RARA、RARG、RXRB、PRKACA、NOS3、SRC、MMP9、KDR、HSP90AA1、HPGDS、GSTA3、GSTA1、GSR和GSTM2(图1B)。以上联络线DNA与数据线上信息中的另一DNA均行为 出必然的相应的性,介绍以上DNA将会充分调动着联动效应。GO和KEGG定量研究分享呈现了丁酸联络线DNA的相应的经由和海洋分子生物工程学的功能(图1C)。联络线DNA通常与类固醇缴素初次回应、阳极被氧化应激性发生不良化学反应初次回应、吸附性氧上皮细胞对类固醇缴素条件刺激的发生不良化学反应还有对咸性无机化学东西的发生不良化学反应有关于。上述讲到所说,以上联络线DNA通常进行了阳极被氧化应激性发生不良化学反应和对吸附性氧的海洋生物工程发生不良化学反应整个过程,是肾结石转变成规则中至关主要的经由,这呈现丁酸将会在肾结石中充分调动主要效应。

图1| 丁酸结构类型与靶染色体网浅析(图源:Zijian Zhou., et al., Food Chem Toxicol.

为进每一步摸索丁酸对CaOx肾结石那就是切靶遗传DNA组组遗传,实验解析的者再生利用GEO统计资料库对GSE73680中绿色参考与CaOx肾结石病人的遗传DNA组组遗传对比解析来了实验解析。参考组与CaOx结石病人的有明显性对比解析表示遗传DNA组组遗传(DEGs)检测准则为P < 0.05、|log2(FC)| > 1。共选择到3783个遗传DNA组组遗传做有明显变换,这其中3379个(89.4%)遗传DNA组组遗传表示调整,404个(10.6%)遗传DNA组组遗传表示变动(图2A)。对DEGs来聚类算法解析解析,热图呈现了前10个被选中DEGs的二维上下分层聚类算法解析优点(图2B)。紧接着,实验解析的者可以通过GeneCards统计资料库人工工资技术鉴定了370个有可能与CaOx肾结石有关的遗传DNA组组遗传,网站排名前20位的預測遗传DNA组组遗传简答有关性評分如图甲如下2C如下。考虑到寻找丁酸诊疗CaOx肾结石的关健靶点,实验解析的者将PharmMapper中的丁酸靶点、GEO中的DEGs和GeneCards中的CaOx肾结石有关遗传DNA组组遗传除理得见没事个Venn图。之后,CYP2C9被认定为丁酸影向CaOx肾结石的不确定靶点(图2D)。最后,实验解析的者还来了丁酸与CYP2C9的团伙合作,CYP2C9的八个有机酸残基ASN-474、LYS-48和GLY-46与丁酸完美做用,氢键能为4.2 kcal/mol(图2E)。 在利用率系统临床药理学予测CYP2C9是丁酸影晌CaOx肾结石的靶dna后,科学研究人工还凭借細胞工作否认了CYP2C9可减轻草酸诱惑的HK-2細胞的ROS平均水平、支原体感染受伤和凋亡。

图2| 绝大多数据库联手浅析推测CYP2C9是丁酸用途于CaOx肾结石的靶dna

论述最终

本探究先知道丁酸在身体之外和身体里均能调控CaOx肾结石模型工具的阳极氧化反应应激状态性和支原体感染受损,其次根据电脑网络上药剂学学需求受到丁酸影响力CaOx肾结石的自身靶点——CYP2C9,最后的根据受损内部科学实验声明CYP2C9在草酸盐诱发的HK-2受损内部ROS平均水平、支原体感染受损和凋亡。以下知道取决于丁酸也许根据调控CYP2C9来调控CaOx肾结石的阳极氧化反应应激状态性,降低支原体感染受损。这类阶段中拜谱微生物制品展示 了电脑网络上药剂学学技術提供服务的,不仅如此拜谱微生物制品可提高了成熟期不断完善的基因遗传组学、血清质组学、代谢率组学等两组学设备及技術提供服务的,受欢迎打电话资讯! 借鉴医学文献:Zhou Z, Zhou X, Zhang Y, Yang Y, Wang L, Wu Z. Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9. Food Chem Toxicol. 2023 Aug. doi: 10.1016/j.fct.2023.113925.
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